此外，根据工作人员估计，大黄石生态系统大约有600只北美灰熊，超过一半的种群栖息在黄石公园里。北美灰熊被列为灭绝危险的物种，但是，美国鱼类和野生生物管理局已经宣布，他们打算把北美灰熊从黄石地区的濒危物种名单上消除，但将可能保留其在还没有完全恢复地区的名单上。反对将北美灰熊从名单中划去的人担心这几个州可能再次容许狩猎以及更好的保护措施需要贯彻，以确保该种群可持续发展。

说完了动物再说说公园内的植物，黄石公园总面积的85%都覆盖着森林。绝大部分树木是美国黑松（亦称扭叶松），这是生命力极强的一种树木。生长在黄石公园里的植物，最大的灾难便是森林大火。正是因为山火肆虐，不少树种分布得越来越稀疏。但扭叶松却凭借它顽强的生命力，不仅生存下来，而且逐年扩大自己的领地，这是因为扭叶松的树皮很薄、很脆，而且易于燃烧，所以，一旦发生火灾，它和其他树木一样难以逃脱。但是，它却用坚固而紧闭的松果将种子储藏起来。这些松果可以将种子保存3－9年。美国黑松生长得十分紧密，就像甘蔗林一样。比如这片森林：每棵树的直径1.2-2.4米，树高30米，树龄平均175年。由于缺少阳光，下面的树枝刚长出来就枯死掉落了。龙胆松是另一种分布广泛的树种。这种树木有着极强的适应能力，而且成长速度极快，能在各种各样的气候土壤条件下生长。在经常发生山火的最危险的山坡上，它们也千姿百态、郁郁葱葱。在落基山脉，几乎每个夏季，都有数千平方公里的龙胆松被火灾吞没，但“野火烧不尽，春风吹又生”，新的生命在灰烬中迅速崛起。美洲云杉和亚高山银杉这两种树木广泛地分布在美国西部地区，攀缘着每一座高山。然而这两种树有一个共同的弱点，它们都非常害怕山火。由于它们的树皮非常薄，而且每年种子一旦成熟就立即被播撒出去，所以一旦起火，无论是树木还是它们的种子都被无情地吞噬了。正因为这个原因，它们很快就被赶出山火肆虐的地区。21世纪后人们只能在海拔较高的山峰或湿润的地方见到它们，那些地方最容易抵御火灾的侵袭。公园内原生有超过1700种树木和其它维管植物，另外有约170种被认为属于外来物种。其中记录了8种松柏类植物，所有树林面积中有80%是黑松林。其他针叶林如高山冷杉、英格曼云杉、落基山脉花旗松和白皮松都在整个公园内发现了零散的小树林。截止2007年，白皮松受到了一种真菌引起的疱锈病威胁，不过这一情况基本局限于森林的北部和西部。与蒙大拿州西北部几乎全部都这种真菌侵扰的情况相比，黄石公园只有约7%的白皮松受到影响。

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